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苹果自动清空短信可能有以下几种原因。
1、可能是iCloud自动同步造成的，在iCloud中开启了短信同步功能，导致手机中的短信会自动清空，可以关闭iCloud中的短信同步功能来解决该问题，具体操作是进入“设置”，找到并点击“iCloud”，然后找到并点击“信息”，将其开关关闭即可。
2、手机开启了定时自动删除短信的设置，在手机短信设置中，找到定时删除短信的选项并将其关闭即可，如果找不到该选项，可以检查手机是否安装了某些安全软件或第三方应用，可能是这些应用设置了自动清理短信的功能。
3、手机系统出现问题也会导致短信自动清空，可以尝试重启手机或恢复手机的出厂设置来解决该问题，但请注意，恢复出厂设置会清除手机中的所有数据，所以在操作前要确保备份重要数据。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果的官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助。